根据《中国农业银行协助监管机构核查洗钱及制裁风险操作规程》，对于有合理理由怀疑核查客户、客户的交易与洗钱或恐怖融资等犯罪活动相关，应采取以下管控措施：

A、总行反洗钱主管部门应参照反洗钱协查工作管理有关要求，在反洗钱信息管理系统中登记洗钱及恐怖融资风险核查对象相关信息，并应指导分行提交可疑交易报告。
B、对于已在我行开户的风险核查客户，总行客户部门和业务部门应组织分行对相关客户开展加强型客户尽职调查，进一步了解客户及其控股股东、实际控制人、实际受益人和交易对手信息，深入了解客户特性、交易用途、涉及的地域、业务活动和行业及职业等变动情况，根据调查情况对客户进行风险评估，并提出客户洗钱和恐怖融资风险等级调整意见。
C、总行反洗钱主管部门应按照《中国农业银行客户洗钱和恐怖融资风险等级分类管理办法》的要求，结合总行客户部门对客户风险重新评估意见，指导分行调整风险核查客户的洗钱和恐怖融资风险等级，并适度提高风险客户交易监测的频率和强度。
D、总分行客户部门和业务部门应根据风险核查客户的洗钱和恐怖融资风险等级情况，采取限制客户或账户的交易方式、规模、频率等管控措施，特别是客户通过非柜面方式办理业务的金额、次数和业务类型。